Collision between Character Controller and Box Collider not working.

I have recently started a small project in Unity and have been having problems with the collision between the two components mentioned above.
I have an object with a Character Controller attached working as my character and a column, which is supposed to move the character who is standing on top of it, which has a Box Collider. When the column moves downwards everything works as intended, but when moving upwards the character falls through the column as if the the collision wasn't working, even if it collides with it when it isn't moving.

These are the scripts that I am using:

Code (csharp):

1. using UnityEngine;
2. using System.Collections;
3.  
4. public class Movement : MonoBehaviour {
5.        
6.     //Variables
7.        
8.     public float speedx = 6.0F;
9.     public float jumpSpeed = 8.0F;
10.     public float gravity = 20.0F;
11.         private Vector3 rotation;
12.     private Vector3 moveDirection = Vector3.zero;
13.  
14.     void Update() {
15.                
16.         CharacterController controller = GetComponent<CharacterController>();
17.                
18.         if (controller.isGrounded)
19.                 {            
20.             moveDirection = new Vector3(Input.GetAxis("Horizontal"), 0, Input.GetAxis("Vertical"));
21.             moveDirection = GameObject.Find("PJCamera").transform.TransformDirection(moveDirection);  
22.                        
23.                         if(moveDirection.y != 0)
24.                         {
25.                                 moveDirection.y = 0;
26.                         }
27.                        
28.             moveDirection *= speedx;
29.                        
30.             if (Input.GetButton("Jump"))
31.                         {
32.                 moveDirection.y = jumpSpeed;
33.                         }
34.                        
35.         }
36.                
37.         //Applying gravity to the controller
38.         moveDirection.y -= gravity * Time.deltaTime;
39.                
40.         //Making the character move
41.         controller.Move(moveDirection * Time.deltaTime);
42.                
43.                 //transform.rotation=new Quaternion(0, GameObject.Find("Main Camera").transform.rotation.y,0,0);
44.                 transform.eulerAngles = new Vector3 (0,GameObject.Find("PJCamera").transform.eulerAngles.y,0);
45.                
46.                
47.                
48.     }
49.        
50.        
51.        
52. }

Code (csharp):

1.  
2. using UnityEngine;
3. using System.Collections;
4.  
5. public class ColMovement : MonoBehaviour {
6.  
7.         // Use this for initialization
8.        
9.         private bool activated ;
10.         public float higherLimit;
11.         public float lowerLimit;
12.         public float startingpoint;
13.         public int speed;
14.         public string lastMovement;
15.         private bool bajar , subir ;
16.         public string levername ;      
17.         public KeyCode kC;
18.         public bool PJHit;
19.        
20.  
21.        
22.         void Start () {
23.        
24.                 activated = false;
25.                
26.                 speed = 1 ;
27.                 bajar = false;
28.                 subir = false;
29.                 lastMovement = "still" ;
30.                 PJHit = false ;
31.                
32.                
33.         }
34.        
35.         // Update is called once per frame
36.         void Update () {              
37.                
38.                 ActivationToggle();
39.                 columnMovement();              
40.                
41.         }
42.        
43.         void ActivationToggle ()
44.         {
45.                
46.                                
47.                
48.                 if( Input.GetKeyDown(kC) )
49.                 {
50.                 activated = !activated ;                      
51.                 }
52.                
53.          
54.                
55.                
56.         }
57.        
58.         void columnMovement()
59.         {
60.                
61.                
62.                 Vector3 actualPosition = transform.position;
63.        
64.                 if( !(GameObject.Find(levername).animation.isPlaying)  lastMovement!="still" )
65.                 {
66.                         if(lastMovement=="bajar")
67.                         {
68.                                 bajar = true ;
69.                         }
70.                         else
71.                         {
72.                                 subir = true ;
73.                         }
74.                         lastMovement="still";
75.                 }
76.                
77.                 if(subir == false  bajar == false  activated  !(GameObject.Find(levername).animation.isPlaying) )
78.                 {
79.                         if (Input.GetKeyDown(KeyCode.LeftArrow))
80.                         {              
81.                                 if (actualPosition.y == startingpoint)
82.                                 {
83.                                         GameObject.Find(levername).animation.Play("MiddleToLeft");
84.                                         GameObject.Find(levername).animation["MiddleToLeft"].speed = 1;
85.                                        
86.                                 }
87.                                 else if (actualPosition.y > startingpoint)
88.                                 {
89.                                         GameObject.Find(levername).animation.Play("RightToMiddle");
90.                                         GameObject.Find(levername).animation["RightToMiddle"].speed = 1;
91.                                
92.                                 }
93.                                
94.                                 lastMovement = "bajar";
95.                                
96.                         }
97.                         else if (Input.GetKeyDown(KeyCode.RightArrow))
98.                         {
99.                                 if (actualPosition.y == startingpoint)
100.                                 {
101.                                         GameObject.Find(levername).animation.Play("RightToMiddle");
102.                                         GameObject.Find(levername).animation["RightToMiddle"].time = GameObject.Find("Lever").animation["RightToMiddle"].length ;
103.                                         GameObject.Find(levername).animation["RightToMiddle"].speed = -1;                                      
104.                                        
105.                                 }
106.                                 else if (actualPosition.y < startingpoint)
107.                                 {
108.                                         GameObject.Find(levername).animation.Play("MiddleToLeft");
109.                                         GameObject.Find(levername).animation["MiddleToLeft"].time = GameObject.Find("Lever").animation["MiddleToLeft"].length ;
110.                                         GameObject.Find(levername).animation["MiddleToLeft"].speed = -1;                              
111.                                 }
112.                                 lastMovement = "subir";
113.                                
114.                         }
115.                 }      
116.                
117.                 if ( subir  actualPosition.y < higherLimit)
118.                 {
119.                         if ( actualPosition.y + (speed*Time.deltaTime) > higherLimit )  
120.                         {
121.                                 actualPosition.y = higherLimit ;
122.                         }      
123.                         else if ( (actualPosition.y != startingpoint)  (actualPosition.y + (speed*Time.deltaTime) > startingpoint)  (actualPosition.y < startingpoint) )
124.                         {
125.                                 actualPosition.y = startingpoint;
126.                         }
127.                         else {
128.                         actualPosition.y+=speed*Time.deltaTime;
129.                         }
130.                 }
131.                 else if ( bajar  actualPosition.y > lowerLimit )
132.                 {
133.                         if (actualPosition.y - (speed*Time.deltaTime) < lowerLimit )
134.                         {
135.                                 actualPosition.y = lowerLimit;
136.                         }                      
137.                         else if ( (actualPosition.y != startingpoint)  (actualPosition.y - (speed*Time.deltaTime) < startingpoint)  (actualPosition.y > startingpoint))
138.                         {
139.                                 actualPosition.y = startingpoint;
140.                         }
141.                         else {
142.                         actualPosition.y-=speed*Time.deltaTime;
143.                         }
144.                 }      
145.                        
146.                 if( PJHit  lastMovement == "subir" )
147.                 {
148.                        
149.                 }
150.                 transform.Translate(0,0,actualPosition.y-transform.position.y) ;      
151.                
152.                
153.                 if (actualPosition.y == lowerLimit || actualPosition.y == higherLimit || actualPosition.y == startingpoint)
154.                 {
155.                         bajar = false ;
156.                         subir = false;
157.                 }
158.                
159.                
160.                
161.         }      
162.        
163.        
164. }
165.  

 

Does the characterController have a Collider?

 

Yes, a Capsule Collider.